كيم سبايدر

كيم سبايدر
محتوى
وصف	قاعدة بيانات للهيكل الكيميائي توفر وصولاً سريعًا إلى أكثر من 100 مليون من الهياكل والممتلكات والمعلومات المرتبطة بها.
اتصال
مركز البحث	رالي ، نورث كارولينا ، الولايات المتحدة
معمل	أنتوني جيه ويليامز; الجمعية الملكية للكيمياء ;
وصول
موقع إلكتروني	www.chemspider.com
أدوات
مستقل	https://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
متفرقات
رخصة	نسب المشاع الإبداعي شارك على حد سواء

ChemSpider هي قاعدة بيانات للمواد الكيميائية . ChemSpider مملوكة للجمعية الملكية للكيمياء . ^[3]^[4]^[5]^[6]^[7]

قاعدة البيانات

تحتوي قاعدة البيانات على معلومات حول أكثر من 100 مليون جزيء من أكثر من 270 مصدر بيانات بما في ذلك: ^[8]

وكالة حماية البيئة DSSTox ^[9]
إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA)
قاعدة بيانات الأيض البشري
مجلة الكيمياء الحلقية غير المتجانسة
KEGG
KUMGM
ليدسكوب
ليبيدمابس
مارينليت
MDPI
ميكاد
MLSMR
MMDB
مولي
MTDP
نانوجين
بيولوجيا الطبيعة الكيميائية
NCGC
نيايد
المعاهد الوطنية للصحة (NIH)
برنامج فحص الأدوية المعتمد من NINDS
نيست
كتاب الكيمياء NIST
NMMLSC
NMRShiftDB
باناش
PCMD
PDSP
الببتيدات
Prous Science Drugs في المستقبل
QSAR
R & D كيماويات
مركز سان دييغو لعلم الجينوم الكيميائي
SGCOxCompounds ، SGCStoCompounds
SMID
المواصفات
اتحاد الجينوم الإنشائي
شوركيم
سينثون لاب
طومسون فارما
إجمالي كتل بناء TOSLab
UM-BBD
UPCMLD
مفيدشيم
شبكة العلوم
xPharm

يتم إعطاء كل مادة كيميائية معرفًا فريدًا ، والذي يشكل جزءًا من عنوان URL المقابل. على سبيل المثال ، الأسيتون هو 175 ، وبالتالي له عنوان URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

التعهيد الجماعي

يمكن تحديث قاعدة بيانات ChemSpider بمساهمات المستخدم بما في ذلك ترسيب التركيب الكيميائي وترسيب الأطياف ومعالجة المستخدم. هذا هو نهج التعهيد الجماعي لتطوير قاعدة بيانات كيمياء عبر الإنترنت. أنتجت معالجة البيانات القائمة على التعهيد الجماعي قاموسًا للأسماء الكيميائية المرتبطة بالتركيبات الكيميائية التي تم استخدامها في تطبيقات التنقيب عن النصوص في الأدبيات الطبية الحيوية والكيميائية. ^[10]

ومع ذلك ، لا يتم التنازل عن حقوق قاعدة البيانات ولا يتوفر تفريغ بيانات ؛ في الواقع ، تشير الأسئلة الشائعة إلى أنه لا يُسمح إلا بتنزيلات محدودة: ^[11] وبالتالي فإن الحق في الانقسام غير مضمون ولا يمكن اعتبار المشروع مجانيًا / مفتوحًا .

يبحث

يتم توفير عدد من وحدات البحث المتاحة:

و بحث معيار يسمح الاستعلام عن أسماء منهجية ، الأسماء التجارية والمترادفات وأرقام التسجيل
في بحث متقدم يسمح البحث التفاعلية التي كتبها التركيب الكيميائي، طيدة الكيميائية، وذلك باستخدام أيضا الصيغة الجزيئية و الوزن الجزيئي مجموعة، CAS الأرقام، الموردون، وما إلى ذلك بحث يمكن استخدامها لتوسيع أو تقييد نتائج بالفعل.
هيكل البحث على الأجهزة المحمولة يمكن أن يتم ذلك باستخدام التطبيقات المجانية ل دائرة الرقابة الداخلية (اي فون / آي بود / باد) ^[12] ول الروبوت (نظام التشغيل) . ^[13]

ترميز وثيقة الكيمياء

تم استخدام قاعدة بيانات ChemSpider جنبًا إلى جنب مع التنقيب عن النص كأساس لترميز مستندات الكيمياء . ChemMantis ، ^[14] يستخدم النظام المتكامل لتحويل المصطلحات والترميز الكيميائي خوارزميات لتحديد واستخراج الأسماء الكيميائية من المستندات وصفحات الويب وتحويل الأسماء الكيميائية إلى تركيبات كيميائية باستخدام خوارزميات التحويل من الاسم إلى الهيكل والبحث في القاموس في ChemSpider قاعدة البيانات. والنتيجة هي نظام متكامل بين وثائق الكيمياء والبحث عن المعلومات عبر ChemSpider في أكثر من 150 مصدر بيانات.

تاريخ

تم الحصول على ChemSpider من قبل الجمعية الملكية للكيمياء (RSC) في مايو 2009. ^[15] قبل الاستحواذ من قبل RSC ، تم التحكم في ChemSpider من قبل شركة خاصة ، ChemZoo Inc. تم إطلاق النظام لأول مرة في مارس 2007 في إصدار تجريبي شكل وانتقلت للإفراج في مارس 2008.

خدمات

يتم توفير عدد من الخدمات عبر الإنترنت. يتضمن ذلك تحويل الأسماء الكيميائية إلى تركيبات كيميائية ، وتوليد السلاسل SMILES و InChI بالإضافة إلى التنبؤ بالعديد من المعلمات الفيزيائية والكيميائية والتكامل مع خدمة الويب التي تسمح بالتنبؤ بالرنين المغناطيسي النووي .

SyntheticPages

SyntheticPages هي قاعدة بيانات تفاعلية مجانية لإجراءات الكيمياء التركيبية التي تديرها الجمعية الملكية للكيمياء . ^[16] يقدم المستخدمون إجراءات تركيبية قاموا بها بأنفسهم للنشر على الموقع. قد تكون هذه الإجراءات أعمالًا أصلية ، لكنها غالبًا ما تستند إلى ردود الفعل الأدبية. يتم إجراء اقتباسات من الإجراء الأصلي المنشور عند الاقتضاء. يتم فحصها من قبل محرر علمي قبل نشرها. لا تخضع الصفحات لمراجعة رسمية من قبل الأقران مثل مقال في مجلة علمية ولكن يمكن تقديم التعليقات بواسطة المستخدمين المسجلين للدخول. يتم الإشراف على التعليقات أيضًا من قبل المحررين العلميين. القصد من ذلك هو جمع الخبرة العملية حول كيفية إجراء تخليق كيميائي مفيد في المختبر. بينما يتم سرد الأساليب التجريبية المنشورة في مجلة أكاديمية عادية بشكل رسمي وموجز ، يتم تقديم الإجراءات في ChemSpider SyntheticPages بمزيد من التفاصيل العملية. يتم تشجيع الطابع غير الرسمي. يتم تضمين التعليقات من قبل المقدمين كذلك. منشورات أخرى مع كميات مماثلة من التفاصيل وتشمل التأليفات العضوية و غير العضوية التأليفات . تم إنشاء موقع SyntheticPages في الأصل من قبل الأساتذة كيفن بوكر ميلبورن ( جامعة بريستول ) وستيفن كاديك ( كلية لندن الجامعية ) وبيتر سكوت ( جامعة وارويك ) والدكتور ماكس هاموند. في فبراير 2010 ، تم الإعلان عن اندماج ^[17] مع محرك بحث التركيب الكيميائي للجمعية الملكية للكيمياء ChemSpider وتشكيل ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP).

افتح PHACTS

عمل ChemSpider كمستودع للمركبات الكيميائية كجزء من مشروع Open PHACTS ، وهو مبادرة أدوية مبتكرة . تم تطوير PHACTS المفتوح لفتح المعايير ، مع الوصول المفتوح ، ونهج الويب الدلالي لمعالجة الاختناقات في اكتشاف الأدوية الجزيئية الصغيرة - مصادر المعلومات المتباينة ، ونقص المعايير والحمل الزائد للمعلومات. ^[18]

أنظر أيضا

نيست
بوبكيم
DrugBank
تشيبي
شيمبل
برنامج للنمذجة الجزيئية

مراجع

^ فان نوردن ، ر. (2012). "شبكة بيانات الكيمياء تتوسع" . الطبيعة . 483 (7391): 524. بيب كود : 2012Natur.483..524V . دوى : 10.1038 / 483524a . بميد 22460877 .
^ "مدونة ChemSpider» أرشيف المدونة »ChemSpider تتبنى تراخيص المشاع الإبداعي" . www.chemspider.com . مؤرشف من الأصل في 2015-04-02 . تم الاسترجاع 2014/03/21 .
^ أنتوني جون ويليامز (يناير - فبراير 2008). "ChemSpider وشبكة الويب المتوسعة: بناء مجتمع مرتكز على البنية للكيميائيين" . الكيمياء الدولية . 30 (1).
^ وليامز ، إيه جاي (2008). "قواعد بيانات المركبات الكيميائية العامة". الرأي الحالي في اكتشاف الأدوية وتطويرها . 11 (3): 393-404. بميد 18428094 .
^ برومفيل ، ج. (2008). "الكيميائيون يغزلون شبكة من البيانات" . الطبيعة . 453 (7192): 139. بيب كود : 2008Natur.453..139B . دوى : 10.1038 / 453139a . بميد 18464701 .
^ وليامز ، إيه جاي (2011). "Chemspider: منصة للتعاون الجماعي لتنظيم البيانات المشتقة من قواعد البيانات العامة المركبة". التقنيات الحاسوبية التعاونية للبحوث الطبية الحيوية . ص 363 - 386. دوى : 10.1002 / 9781118026038.ch22 . رقم ISBN 9781118026038.
^ بنس ، سعادة ؛ وليامز ، أ. (2010). "ChemSpider: مورد معلومات كيميائية على الإنترنت". مجلة التربية الكيميائية . 87 (11): 1123. بيب كود : 2010JChEd..87.1123P . دوى : 10.1021 / ed100697w .
^ "مصادر البيانات" . كيم سبايدر . تم الاسترجاع 16 مايو ، 2019 .
^ "مدونة ChemSpider» أرشيف المدونة »يتصل متصفح DSSTox الخاص بوكالة حماية البيئة الأمريكية بـ ChemSpider" . كيم سبايدر. 23 أغسطس 2008 مؤرشفة من الأصلي في 7 نوفمبر 2017 . تم الاسترجاع 7 نوفمبر 2017 .
^ Hettne ، KM ؛ وليامز ، AJ ؛ فان موليجن ، إم ؛ كلاينجان ، ياء ؛ تكاتشينكو ، ف. كورس ، جا (2010). "المعالجة التلقائية مقابل المعالجة اليدوية لقاموس كيميائي متعدد المصادر: التأثير على التنقيب عن النص" . مجلة Cheminformatics . 2 (1): 3. دوى : 10.1186 / 1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . بميد 20331846 .
^ "مدونة ChemSpider» أرشيف المدونة »من يرغب في امتلاك قاعدة بيانات ChemSpider بأكملها؟" . www.chemspider.com . مؤرشفة من الأصلي في 24 سبتمبر 2015 . تم الاسترجاع 2014/04/18 .
^ "ChemSpider على متجر التطبيقات" . متجر التطبيقات .
^ "ChemSpider Mobile - تطبيقات Android على Google Play" . play.google.com .
^ مرحبًا بك ChemMantis في ChemZoo ودعوة للمساهمات من المجتمع ، 23-10-2008 ، A. Williams ، مشاركة مدونة أرشفة 2015-09-24 في آلة Wayback.
^ "RSC تستحوذ على ChemSpider" . الجمعية الملكية للكيمياء. 11 مايو 2009 . تم الاسترجاع 2009-05-11 .
^ "ChemSpider SyntheticPages" . ChemSpider SyntheticPages . الجمعية الملكية للكيمياء . تم الاسترجاع 26 يونيو 2012 .
^ "ChemSpider و SyntheticPages تدعم الكيمياء الاصطناعية" . النشر RSC . الجمعية الملكية للكيمياء. 2010-02-05. مؤرشفة من الأصلي في 26 يوليو 2012 . تم الاسترجاع 2012-06-26 .
^ وليامز ، AJ ؛ هارلاند ، إل. جروث ، ص. بيتيفر ، س . شيشستر ، سي ؛ Willighagen ، EL ؛ إيفيلو ، سي تي ؛ بلومبيرج ، إن. إيكر ، ج . جوبل ، سي ؛ مونس ، ب. (2012). "فتح PHACTS: إمكانية التشغيل البيني الدلالي لاكتشاف المخدرات" . اكتشاف المخدرات اليوم . 17 (21-22): 1188-1198. دوى : 10.1016 / j.drudis.2012.05.016 . بميد 22683805 .

[1] فان نوردن ، ر. (2012). "شبكة بيانات الكيمياء تتوسع" . الطبيعة . 483 (7391): 524. بيب كود : 2012Natur.483..524V . دوى : 10.1038 / 483524a . بميد 22460877 .

[2] "مدونة ChemSpider» أرشيف المدونة »ChemSpider تتبنى تراخيص المشاع الإبداعي" . www.chemspider.com . مؤرشف من الأصل في 2015-04-02 . تم الاسترجاع 2014/03/21 .

[3] أنتوني جون ويليامز (يناير - فبراير 2008). "ChemSpider وشبكة الويب المتوسعة: بناء مجتمع مرتكز على البنية للكيميائيين" . الكيمياء الدولية . 30 (1).

[4] وليامز ، إيه جاي (2008). "قواعد بيانات المركبات الكيميائية العامة". الرأي الحالي في اكتشاف الأدوية وتطويرها . 11 (3): 393-404. بميد 18428094 .

[5] برومفيل ، ج. (2008). "الكيميائيون يغزلون شبكة من البيانات" . الطبيعة . 453 (7192): 139. بيب كود : 2008Natur.453..139B . دوى : 10.1038 / 453139a . بميد 18464701 .

[6] وليامز ، إيه جاي (2011). "Chemspider: منصة للتعاون الجماعي لتنظيم البيانات المشتقة من قواعد البيانات العامة المركبة". التقنيات الحاسوبية التعاونية للبحوث الطبية الحيوية . ص 363 - 386. دوى : 10.1002 / 9781118026038.ch22 . رقم ISBN 9781118026038.

[7] بنس ، سعادة ؛ وليامز ، أ. (2010). "ChemSpider: مورد معلومات كيميائية على الإنترنت". مجلة التربية الكيميائية . 87 (11): 1123. بيب كود : 2010JChEd..87.1123P . دوى : 10.1021 / ed100697w .

[8] "مصادر البيانات" . كيم سبايدر . تم الاسترجاع 16 مايو ، 2019 .

[ChemSpider-_23_August_2008_-_The_US_EPA_DSSTox_Browser_Connects_to_ChemSpider-9] "مدونة ChemSpider» أرشيف المدونة »يتصل متصفح DSSTox الخاص بوكالة حماية البيئة الأمريكية بـ ChemSpider" . كيم سبايدر. 23 أغسطس 2008 مؤرشفة من الأصلي في 7 نوفمبر 2017 . تم الاسترجاع 7 نوفمبر 2017 .

[10] Hettne ، KM ؛ وليامز ، AJ ؛ فان موليجن ، إم ؛ كلاينجان ، ياء ؛ تكاتشينكو ، ف. كورس ، جا (2010). "المعالجة التلقائية مقابل المعالجة اليدوية لقاموس كيميائي متعدد المصادر: التأثير على التنقيب عن النص" . مجلة Cheminformatics . 2 (1): 3. دوى : 10.1186 / 1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . بميد 20331846 .

[11] "مدونة ChemSpider» أرشيف المدونة »من يرغب في امتلاك قاعدة بيانات ChemSpider بأكملها؟" . www.chemspider.com . مؤرشفة من الأصلي في 24 سبتمبر 2015 . تم الاسترجاع 2014/04/18 .

[12] "ChemSpider على متجر التطبيقات" . متجر التطبيقات .

[13] "ChemSpider Mobile - تطبيقات Android على Google Play" . play.google.com .

[14] مرحبًا بك ChemMantis في ChemZoo ودعوة للمساهمات من المجتمع ، 23-10-2008 ، A. Williams ، مشاركة مدونة أرشفة 2015-09-24 في آلة Wayback.

[15] "RSC تستحوذ على ChemSpider" . الجمعية الملكية للكيمياء. 11 مايو 2009 . تم الاسترجاع 2009-05-11 .

[16] "ChemSpider SyntheticPages" . ChemSpider SyntheticPages . الجمعية الملكية للكيمياء . تم الاسترجاع 26 يونيو 2012 .

[17] "ChemSpider و SyntheticPages تدعم الكيمياء الاصطناعية" . النشر RSC . الجمعية الملكية للكيمياء. 2010-02-05. مؤرشفة من الأصلي في 26 يوليو 2012 . تم الاسترجاع 2012-06-26 .

[18] وليامز ، AJ ؛ هارلاند ، إل. جروث ، ص. بيتيفر ، س . شيشستر ، سي ؛ Willighagen ، EL ؛ إيفيلو ، سي تي ؛ بلومبيرج ، إن. إيكر ، ج . جوبل ، سي ؛ مونس ، ب. (2012). "فتح PHACTS: إمكانية التشغيل البيني الدلالي لاكتشاف المخدرات" . اكتشاف المخدرات اليوم . 17 (21-22): 1188-1198. دوى : 10.1016 / j.drudis.2012.05.016 . بميد 22683805 .

[3]