جمول
Jmol و هو الكمبيوتر برنامج ل نمذجة الجزيئية البنى الكيميائية في 3 أبعاد . [2] Jmol وإرجاع تمثيل 3D من جزيء التي يمكن أن تستخدم كأداة تعليمية، [3] أو للبحث على سبيل المثال، في الكيمياء و الكيمياء الحيوية . إنه مكتوب بلغة البرمجة Java ، بحيث يمكن تشغيله على أنظمة التشغيل Windows و macOS و Linux و Unix ، إذا تم تثبيت Java. إنه برنامج مجاني ومفتوح المصدر تم إصداره بموجب ملفرخصة جنو العمومية الصغرى (LGPL) الإصدار 2.0. يوجد تطبيق مستقل ومجموعة أدوات تطوير البرامج (SDK) التي يمكن دمجها في تطبيقات Java الأخرى ، مثل Bioclipse و Taverna .
 | |
 عرض هيكل ثلاثي الأبعاد Jmol من الستربتافيدين | |
| المطور (ق) | فريق تطوير Jmol |
|---|---|
| الإصدار الأولي | 2001 |
| إصدارة مستقرة | 14.6.4 (15 أكتوبر 2016 ) [±] |
| معاينة الإصدار | 14.5.0 (12 أغسطس 2000 ) [±] |
| مخزن | sourceforge |
| كتبت في | جافا |
| نظام التشغيل | عبر منصة |
| برنامج | أنظمة مع جافا و متصفحات الويب بدون جافا |
| متوفر في | 16 لغة |
قائمة اللغات الكاتالانية والصينية والتشيكية والدانماركية والهولندية والإنجليزية والفرنسية والألمانية والمجرية والإندونيسية والإيطالية والكورية والبرتغالية والإسبانية والتركية والأوكرانية [1] | |
| يكتب | النمذجة الجزيئية |
| رخصة | LGPL 2.0 |
| موقع إلكتروني | www .jmol .org |
الميزة الشائعة هي تطبيق صغير يمكن دمجه في صفحات الويب لعرض الجزيئات بعدة طرق. على سبيل المثال ، يمكن عرض الجزيئات كنماذج كروية وعصا ، ونماذج ملء الفراغات ، ومخططات شريطية ، وما إلى ذلك. [4] يدعم Jmol مجموعة كبيرة من تنسيقات الملفات الكيميائية ، بما في ذلك بنك بيانات البروتين (pdb) ، وملف المعلومات البلورية ( cif ) و MDL Molfile (مول) ولغة الترميز الكيميائية (CML). هناك أيضًا إصدار JavaScript فقط ( HTML5 ) ، JSmol ، يمكن استخدامه على أجهزة الكمبيوتر التي لا تحتوي على Java. [5]
يوفر تطبيق Jmol الصغير ، من بين قدرات أخرى ، بديلاً عن المكون الإضافي Chime ، [3] والذي لم يعد قيد التطوير النشط. بينما يحتوي Jmol على العديد من الميزات التي يفتقر إليها Chime ، فإنه لا يدعي إعادة إنتاج جميع وظائف Chime ، وأبرزها وضع Sculpt . يتطلب Chime تثبيت مكون إضافي و Internet Explorer 6.0 أو Firefox 2.0 على Microsoft Windows ، أو Netscape Communicator 4.8 على نظام التشغيل Mac OS 9 . يتطلب Jmol تثبيت Java ويعمل على مجموعة متنوعة من الأنظمة الأساسية. على سبيل المثال ، تعمل Jmol بكامل طاقتها في Mozilla Firefox و Internet Explorer و Opera و Google Chrome و Safari .
لقطات
هيكل بلوري لصندوق H / ACA RNP من Pyrococcus furiosus .
تسليط الضوء على جسرين ملح في رباعى الهيموجلوبين (مجموعة الهيمو كعصي في أسفل اليمين).
جزء من عامل النسخ TFIIIA يشكل ثلاثة أشكال متتالية من أصابع الزنك ، مرتبطة بجزء من الحمض النووي.
Eubacterial 70S Ribosome من Thermus thermophilus .
أنظر أيضا
- مجموعة تطوير الكيمياء (CDK)
- مقارنة برامج نمذجة الميكانيكا الجزيئية
- قائمة حزم البرامج المجانية والمفتوحة المصدر
- قائمة أنظمة الرسوم الجزيئية
- رسومات جزيئية
- محرر جزيء
- بروتوبيديا
- PyMOL
- سامسون
- الابتسامات
مراجع
- ^ ترجمات جمول
- ^ Chen ، Jim X. (2008) ، Springer (ed.) ، دليل لأدوات برامج الرسومات ، ص. 471 ، ردمك 978-1-84800-900-4
- ^ أ ب Herráez، A (2006)، "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue" ، Biochemistry and Molecular Biology Education ، 34 (4): 255–61، doi : 10.1002 / bmb.2006.494034042644 ، PMID 21638687 ، S2CID 36319720
- ^ Herráez، A (2007)، Lulu (ed.)، How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures، Volume 1 ، p. 21 ، ردمك 978-1-84799-259-8
- ^ "JSmol" . مؤرشفة من الأصلي في 2018-01-01 . تم الاسترجاع 2015/11/02 .
روابط خارجية
- الموقع الرسمي
- ويكي مع قوائم من المواقع ، الويكي ، و moodles
- Willighagen ، Egon ؛ هوارد ، ميغيل (يونيو 2007). "رسومات جزيئية سريعة وقابلة للبرمجة في متصفحات الويب بدون Java3D" . سابقة الطبيعة . دوى : 10.1038 / npre.2007.50.1 .
- امتداد Jmol لميدياويكي