المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية

المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية
اختصار	NCBI
تأسست	1988 ؛ قبل 33 عاما
مقر	بيثيسدا ، ماريلاند ، الولايات المتحدة
إحداثيات	38 ° 59′45 شمالاً 77 ° 05′56 غربًا / 38.9959 ° شمالًا 77.0989 درجة غربًاإحداثيات : 38 ° 59′45 شمالاً 77 ° 05′56 غربًا / 38.9959 ° شمالًا 77.0989 درجة غربًا
موقع إلكتروني	www .ncbi .nlm .nih .gov

في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية ( NCBI ) ^[1]^[2] هو جزء من مكتبة الولايات المتحدة الوطنية للطب (NLM)، وهي فرع من المعاهد الوطنية للصحة (NIH). تمت الموافقة عليها وتمويلها من قبل حكومة الولايات المتحدة . يقع مقر NCBI في بيثيسدا بولاية ماريلاند ، وقد تم تأسيسه في عام 1988 من خلال تشريع برعاية عضو الكونجرس الأمريكي كلود بيبر .

وNCBI يضم مجموعة من قواعد البيانات ذات الصلة إلى التكنولوجيا الحيوية و الطب الحيوي ، وهو مصدر مهم للأدوات وخدمات المعلوماتية الحيوية. تشمل قواعد البيانات الرئيسية GenBank لتسلسلات الحمض النووي و PubMed ، وهي قاعدة بيانات ببليوغرافية للأدب الطبي الحيوي. تتضمن قواعد البيانات الأخرى قاعدة بيانات NCBI Epigenomics . جميع قواعد البيانات هذه متاحة على الإنترنت من خلال محرك البحث Entrez . تم توجيه NCBI بواسطة David Lipman ، ^[2] أحد المؤلفين الأصليين لبرنامج محاذاة التسلسل BLAST ^[3] وشخصية محترمة على نطاق واسع في المعلوماتية الحيوية . كما قاد برنامجًا بحثيًا داخليًا ، بما في ذلك مجموعات بقيادة ستيفن ألتشول ( مؤلف مشارك آخر في BLAST ) ، وديفيد لاندسمان ، ويوجين كونين ، وجون ويلبور ، وتيريزا برزيتيكا ، وزيونغ لو. تنحى ديفيد ليبمان عن منصبه في مايو 2017. ^[4] كايتلين تايلور إميرت براكستون جريفين هوبكنز كنسينغتون إليزا هوبكنز بلايكلي كلير هوبكنز

GenBank

كان NCBI مسؤولاً عن إتاحة قاعدة بيانات تسلسل DNA GenBank منذ عام 1992. ^[5] ينسق GenBank مع المختبرات الفردية وقواعد بيانات التسلسل الأخرى مثل تلك الخاصة بمختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي (EMBL) وبنك بيانات DNA في اليابان (DDBJ). ^[5]

منذ عام 1992 ، نمت NCBI لتوفير قواعد بيانات أخرى بالإضافة إلى GenBank. يوفر NCBI الجين ، وراثة مندلية على الإنترنت في الإنسان ، وقاعدة بيانات النمذجة الجزيئية (هياكل بروتينية ثلاثية الأبعاد) ، و dbSNP (قاعدة بيانات لتعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة ) ، ومجموعة التسلسل المرجعي ، وخريطة للجينوم البشري ، ومتصفح التصنيف ، والإحداثيات مع المعهد الوطني للسرطان لتقديم مشروع تشريح جينوم السرطان. يقوم NCBI بتعيين معرف فريد (رقم معرف التصنيف) لكل نوع من أنواع الكائنات الحية. ^[6]

يحتوي NCBI على أدوات برمجية متوفرة من خلال متصفحات الإنترنت أو عن طريق FTP. على سبيل المثال ، BLAST هو برنامج بحث عن تشابه التسلسل. يمكن لـ BLAST إجراء مقارنات تسلسلية مقابل قاعدة بيانات GenBank DNA في أقل من 15 ثانية.

NCBI Bookshelf

إن NCBI Bookshelf ^[7] عبارة عن مجموعة من الإصدارات المتاحة على الإنترنت والتي يمكن تنزيلها مجانًا من كتب الطب الحيوي المختارة. يغطي رف الكتب مجموعة واسعة من المواضيع بما في ذلك البيولوجيا الجزيئية ، والكيمياء الحيوية ، علم الأحياء الخلوي ، علم الوراثة ، علم الأحياء الدقيقة ، الحالات المرضية من وجهة نظر الجزيئية والخلوية للعرض، طرق البحث، و الفيروسات . بعض الكتب عبارة عن نسخ عبر الإنترنت لكتب منشورة سابقًا ، في حين أن البعض الآخر ، مثل Coffee Break ، يتم تأليفه وتحريره بواسطة موظفي NCBI. Bookshelf هو مكمل لمستودع Entrez PubMed لملخصات المنشورات التي راجعها النظراء في محتويات Bookshelf التي توفر وجهات نظر ثابتة حول مجالات الدراسة المتطورة والسياق الذي يمكن فيه تنظيم العديد من القطع الفردية المتباينة من الأبحاث المبلغ عنها. ^{[ بحاجة لمصدر ]}

أداة بحث المحاذاة المحلية الأساسية (بلاست)

BLAST هو الخوارزمية المستخدمة لحساب تسلسل التشابه بين متواليات البيولوجية مثل تسلسل النوكليوتيدات من DNA و الأمينية تسلسل الحمض من البروتينات. ^[8] تعتبر بلاست أداة قوية للعثور على متواليات مشابهة لتسلسل الاستعلام داخل نفس الكائن الحي أو في كائنات مختلفة. يبحث في تسلسل الاستعلام على قواعد بيانات وخوادم NCBI ويعيد النتائج إلى متصفح الشخص بالتنسيق المختار. غالبًا ما تكون تسلسلات الإدخال إلى BLAST بتنسيق FASTA أو Genbank بينما يمكن تسليم الإخراج في مجموعة متنوعة من التنسيقات مثل تنسيق HTML وتنسيق XML والنص العادي. HTML هو تنسيق الإخراج الافتراضي لصفحة ويب NCBI. يتم تقديم نتائج NCBI-BLAST في تنسيق رسومي مع جميع النتائج التي تم العثور عليها ، وجدول مع معرفات التسلسل للنتائج التي تحتوي على البيانات ذات الصلة ، جنبًا إلى جنب مع المحاذاة لتسلسل الاهتمام والنتائج المتلقاة مع درجات BLAST المماثلة لهذه ^{[9 ]}

انتريز

يُستخدم نظام Entrez Global Query Cross-Database Search System في NCBI لجميع قواعد البيانات الرئيسية مثل متواليات النوكليوتيدات والبروتينات ، وهياكل البروتين ، و PubMed ، والتصنيف ، و Complete Genomes ، و OMIM ، والعديد من القواعد الأخرى. ^[10] Entrez هو نظام فهرسة واسترجاع يحتوي على بيانات من مصادر مختلفة للبحوث الطبية الحيوية. قام NCBI بتوزيع الإصدار الأول من Entrez في عام 1991 ، والذي يتكون من متواليات نيوكليوتيد من PDB و GenBank ، وتسلسلات بروتينية من SWISS-PROT ، وترجمت GenBank ، و PIR ، و PRF ، و PDB ، وما يرتبط بها من ملخصات واستشهادات من PubMed. تم تصميم Entrez خصيصًا لدمج البيانات من عدة مصادر وقواعد بيانات وتنسيقات مختلفة في نموذج معلومات موحد ونظام استرجاع يمكنه استرداد المراجع والتسلسلات والهياكل ذات الصلة بكفاءة. ^[11]

الجين

تم تنفيذ الجين في NCBI لتوصيف وتنظيم المعلومات حول الجينات. إنه بمثابة عقدة رئيسية في رابطة الخريطة الجينية ، والتعبير ، والتسلسل ، ووظيفة البروتين ، والهيكل ، وبيانات التماثل. يتم تعيين GeneID فريد لكل سجل جيني يمكن متابعته من خلال دورات المراجعة. يتم هنا إنشاء سجلات الجينات للجينات المعروفة أو المتوقعة ويتم ترسيمها من خلال مواقع الخريطة أو تسلسل النيوكليوتيدات. يتمتع الجين بالعديد من المزايا عن سابقه ، LocusLink ، بما في ذلك ، تكامل أفضل مع قواعد البيانات الأخرى في NCBI ، ونطاق تصنيف أوسع ، وخيارات محسّنة للاستعلام والاسترجاع يوفرها نظام Entrez. ^[12]

بروتين

تحتفظ قاعدة بيانات البروتين بالسجل النصي لتسلسل البروتين الفردي ، المشتق من العديد من الموارد المختلفة مثل مشروع التسلسل المرجعي NCBI (RefSeq) و GenBank و PDB و UniProtKB / SWISS-Prot. توجد سجلات البروتين بتنسيقات مختلفة بما في ذلك FASTA و XML وترتبط بمصادر NCBI الأخرى. يوفر البروتين البيانات ذات الصلة للمستخدمين مثل الجينات ، وتسلسل الحمض النووي / الحمض النووي الريبي ، والمسارات البيولوجية ، وبيانات التعبير والتباين ، والأدب. كما أنه يوفر مجموعات محددة مسبقًا من البروتينات المتشابهة والمتطابقة لكل تسلسل كما تم حسابه بواسطة BLAST. تحتوي قاعدة بيانات الهيكل الخاصة بـ NCBI على مجموعات إحداثيات ثلاثية الأبعاد للهياكل المحددة تجريبياً في PDB والتي يتم استيرادها بواسطة NCBI. تحتوي قاعدة بيانات المجال المحفوظ ( CDD ) للبروتين على ملفات تعريف تسلسلية تميز المجالات المحفوظة للغاية داخل تسلسل البروتين. كما أن لديها سجلات من مصادر خارجية مثل SMART و Pfam . توجد قاعدة بيانات أخرى في بروتين يُعرف باسم قاعدة بيانات Protein Clusters التي تحتوي على مجموعات من تسلسلات البروتينات المجمعة وفقًا لأقصى محاذاة بين التسلسلات الفردية كما تم حسابها بواسطة BLAST. ^[13]

قاعدة بيانات Pubchem

قاعدة بيانات PubChem الخاصة بـ NCBI هي مورد عام للجزيئات وأنشطتها ضد الاختبارات البيولوجية. PubChem قابل للبحث ويمكن الوصول إليه عن طريق نظام استرجاع المعلومات Entrez . ^[14]

أنظر أيضا

بنك بيانات الحمض النووي الياباني (DDBJ)
المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI)

مراجع

^ "مشروع الجينوم البشري" . نيويورك تايمز .
^ أ ب "معهد الأبحاث ينشر بيانات الجينات على الإنترنت" . نيويورك تايمز . 26 يونيو 1997.
^ "إحساس من التسلسلات: ستيفن إف ألتشول عن انفجار أفضل" . 2000. مؤرشفة من الأصلي في 2007-10-07.
^ "المكتبة الوطنية للطب تعلن رحيل مدير NCBI الدكتور ديفيد ليبمان" . www.nlm.nih.gov . تم الاسترجاع 2017/05/06 .
^ أ ب مزراحي ، إيلين (22 أغسطس 2007). GenBank: قاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات . المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (الولايات المتحدة) - عبر www.ncbi.nlm.nih.gov.
^ "الصفحة الرئيسية - التصنيف - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ الولايات المتحدة الأمريكية (2019-05-06). "الصفحة الرئيسية - الكتب - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov . تم الاسترجاع 2019/06/12 .
^ ألتشول ستيفن. جيش وارين ميلر ويب مايرز يوجين ليبمان ديفيد (1990). "بسيطة أداة بحث المواءمة المحلية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 215 (3): 403-410. دوى : 10.1016 / s0022-2836 (05) 80360-2 . بميد 2231712 .
^ مادن ت. (2002). دليل NCBI ، الإصدار الثاني ، الفصل 16 ، أداة تحليل تسلسل بلاست
^ منسقو موارد NCBI (2012). "مصادر قاعدة البيانات للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية". أبحاث الأحماض النووية 41 (إصدار قاعدة بيانات): D8-D20.
^ أوستل ج. (2002). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، الفصل 15 ، نظام البحث والاسترجاع Entrez
^ ماجلوت د.برويت ك.تاتوسوفا ت. (2005). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، الفصل 19 ، الجين: دليل الجينات
^ سايرز إي (2013). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، NCBI Protein Resources
^ وانج واي وبراينت إس إتش (2014). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، قاعدة بيانات NCBI PubChem BioAssay

روابط خارجية

الموقع الرسمي
المكتبة الوطنية للطب
المعاهد الوطنية للصحة

[Genome.NYT-1] "مشروع الجينوم البشري" . نيويورك تايمز .

[LipmanDirNCBI.NYT-2] أ ب "معهد الأبحاث ينشر بيانات الجينات على الإنترنت" . نيويورك تايمز . 26 يونيو 1997.

[SciWatch-3] "إحساس من التسلسلات: ستيفن إف ألتشول عن انفجار أفضل" . 2000. مؤرشفة من الأصلي في 2007-10-07.

[4] "المكتبة الوطنية للطب تعلن رحيل مدير NCBI الدكتور ديفيد ليبمان" . www.nlm.nih.gov . تم الاسترجاع 2017/05/06 .

[auto-5] أ ب مزراحي ، إيلين (22 أغسطس 2007). GenBank: قاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات . المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (الولايات المتحدة) - عبر www.ncbi.nlm.nih.gov.

[6] "الصفحة الرئيسية - التصنيف - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[7] الولايات المتحدة الأمريكية (2019-05-06). "الصفحة الرئيسية - الكتب - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov . تم الاسترجاع 2019/06/12 .

[8] ألتشول ستيفن. جيش وارين ميلر ويب مايرز يوجين ليبمان ديفيد (1990). "بسيطة أداة بحث المواءمة المحلية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 215 (3): 403-410. دوى : 10.1016 / s0022-2836 (05) 80360-2 . بميد 2231712 .

[9] مادن ت. (2002). دليل NCBI ، الإصدار الثاني ، الفصل 16 ، أداة تحليل تسلسل بلاست

[10] منسقو موارد NCBI (2012). "مصادر قاعدة البيانات للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية". أبحاث الأحماض النووية 41 (إصدار قاعدة بيانات): D8-D20.

[11] أوستل ج. (2002). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، الفصل 15 ، نظام البحث والاسترجاع Entrez

[12] ماجلوت د.برويت ك.تاتوسوفا ت. (2005). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، الفصل 19 ، الجين: دليل الجينات

[13] سايرز إي (2013). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، NCBI Protein Resources

[14] وانج واي وبراينت إس إتش (2014). دليل NCBI ، الطبعة الثانية ، قاعدة بيانات NCBI PubChem BioAssay

[1]